Penyidik menduga terdapat penyimpangan dalam pengelolaan program MBG, khususnya terkait pendirian dan pengelolaan Satuan Pelayanan Pemenuhan Gizi (SPPG). Sejumlah SPPG yang dibangun dalam program tersebut diduga memiliki keterkaitan dengan yayasan yang terafiliasi dengan para tersangka.
Dari skema tersebut, penyidik menduga terjadi aliran dana insentif operasional dalam jumlah besar yang menguntungkan yayasan-yayasan tertentu. Nilainya disebut mencapai miliaran rupiah per hari dan berpotensi menimbulkan kerugian hingga triliunan rupiah dalam setahun.
Hingga kini, Kejaksaan Agung masih terus mendalami peran masing-masing tersangka serta menelusuri kemungkinan keterlibatan pihak lain dalam perkara yang menjadi salah satu kasus besar terkait program prioritas pemerintah tersebut.